Noites Alienígenas acompanha a história de Rivelino (Gabriel Knox), Sandra (Gleici Damasceno) e Paulo (Adanilo), três amigos de infância e da periferia que se reencontram em Rio Branco, cidade da Amazônia, em um contexto trágico. O longa apresenta a periferia da Amazônia urbana, as fronteiras entre cidade e floresta, e a partir do realismo fantástico, aborda o impacto da chegada das facções criminosas do sudeste do Brasil para a Amazônia. A obra é inspirada no romance de mesmo nome escrito por Sérgio de Carvalho.