O enredo do longa mostrará como, após anos se escondendo dos humanos, os irmãos mutantes decidem fazer atos heróicos para tentar conquistar os corações dos nova-iorquinos e serem aceitos como adolescentes normais. Com a ajuda de um novo amigo, April O’Neil, eles enfrentarão um misterioso sindicato do crime, mas a situação logo se complica quando eles libertam um exército de mutantes.